Mulder a Scullyová vyšetrujú prípady veteránov vojny v Perzskom zálive, ktorí sa pokúšali spáchať samovraždu. Neviditeľná sila im v tom však zabráni. V priebehu vyšetrovania dochádzajú k záveru, že seržant Leonard „Rappo“ Trimble, ktorý je po amputácii všetkých končatín pripútaný na lôžko ovláda silu
Mulder a Scullyová stopujú v Clevelande a Ohiu vraha žien Virgila Incanta, ktorý prevádza svoju zlovestnú činnosť za pomoci Internetu. Scullyová zisťuje, že sa jedná o vampíra, ktorý vysáva tuk a mastné kyseliny z tiel obetí, keďže trpí na zvláštnu metabolickú poruchu.
Neech Manley, odsúdený k trestu smrti v jednej z floridských väzníc sa pred svojou popravou vyhráža, že sa po smrti vráti a zabije piatich ľudí, ktorí mu počas života spôsobili fyzickú bolesť.
Mulder a Scullyová pátrajú po vrahovi veštcov a kartárok a pritom objavia postaršieho poisťovacieho agenta Clydea Bruckmana, ktorý predvída smrť obetí brutálneho vraha.
Mulder a Scullyová vyšetrujú v oklahomskom Connerville sériu násilných úmrtí, ktoré spôsobili blesky ovládané vedomím Darina Oswalda. Hoci fyzici, ktorí študujú podstatu lineárneho blesku definovali z nedostatku emócií tento pozoruhodný úkaz iba ako „intenzívny výboj vo vzduchu“,
Mulder a Scullyová sa zoznamujú s dôkazmi o pokusoch nacistických vedcov pôsobiacich v USA, ktoré vykonávali na mimozemšťanoch. Ich nadriadený, asistent Walter Skinner sa snaží v rozhovore s „mužom s cigaretou“ dosiahnúť bezpečnosť oboch agentov a umožniť im návrat do úradu. Mulder a Scullyová objavia na
V prvej epizóde tretieho cyklu hľadá „Muž s cigaretou“ tajné vládne dokumenty dokazujúce existenciu mimozemšťanov, ktoré sa v predchádzajúcom dieli dostali do rúk Muldera a Scullyovej. Životy oboch agentov sú naďalej v smrteľnom nebezpečenstve vďaka intrigám v zákulisí tajných služieb.
Počítačový nadšenec prezývaný „Mysliteľ“ sa napojí na informačnú sieť ministerstva obrany a získa prístup k tajným vládnym dokumentom kódovaných v jazyku Navajov a označených hlavičkou MJ 12.
Mulder a Scullyová vyšetrujú tajomné zmiznutie George Kernsa a sériu tajomných ochorení na Creutzfeld-Jabobsovu chorobu, ktorá sa prejaví u zamestnancov hydinárskeho závodu v mestečku Dudley v Arkansase. Epizóda vrcholí v momente odhalenia súčasného kanibalského kultu.
V tejto časti sa obaja agenti zoznamujú s tragickými efektami experimentu firmy Polarity Magnetics v Richmonde. V komore urýchľovača sa nešťastnou zhodou okolností ocitne Dr. Chester Banton, ktorého tieň mení ľudské telo na beztvarú hmotu, po ktorej ostane iba tmavá škvrna na zemi.