Mulder a Scullyová sa zoznamujú s dôkazmi o pokusoch nacistických vedcov pôsobiacich v USA, ktoré vykonávali na mimozemšťanoch. Ich nadriadený, asistent Walter Skinner sa snaží v rozhovore s „mužom s cigaretou“ dosiahnúť bezpečnosť oboch agentov a umožniť im návrat do úradu. Mulder a Scullyová objavia na
V prvej epizóde tretieho cyklu hľadá „Muž s cigaretou“ tajné vládne dokumenty dokazujúce existenciu mimozemšťanov, ktoré sa v predchádzajúcom dieli dostali do rúk Muldera a Scullyovej. Životy oboch agentov sú naďalej v smrteľnom nebezpečenstve vďaka intrigám v zákulisí tajných služieb.
Počítačový nadšenec prezývaný „Mysliteľ“ sa napojí na informačnú sieť ministerstva obrany a získa prístup k tajným vládnym dokumentom kódovaných v jazyku Navajov a označených hlavičkou MJ 12.
Mulder a Scullyová vyšetrujú tajomné zmiznutie George Kernsa a sériu tajomných ochorení na Creutzfeld-Jabobsovu chorobu, ktorá sa prejaví u zamestnancov hydinárskeho závodu v mestečku Dudley v Arkansase. Epizóda vrcholí v momente odhalenia súčasného kanibalského kultu.
V tejto časti sa obaja agenti zoznamujú s tragickými efektami experimentu firmy Polarity Magnetics v Richmonde. V komore urýchľovača sa nešťastnou zhodou okolností ocitne Dr. Chester Banton, ktorého tieň mení ľudské telo na beztvarú hmotu, po ktorej ostane iba tmavá škvrna na zemi.
Mulder a Scullyová odhaľujú nekalé praktiky firmy Pink Pharmaceuticals. Firma na tajnú vládnu objednávku testuje pod pláštikom „Centra pre kontrolu chorôb“ /CDC/ biologickú zbraň v podobe parazitov, napádajúcich imunitný systém. Tieto boli objavené pri zbere hmyzu v kostarickom dažďovom pralese.
V tejto časti privedie záhadná smrť malého chlapca v detskom parku oboch agentov k poverčivej starej žene a k jej vnukovi Charliemu Holveyovi, ktorý je podľa všetkého posadnutý diablom.
V časti, ktorej nemožno odoprieť veľkú dávku originality s kombináciou čierneho humoru, ocitneme sa spolu s oboma agentmi vo floridskom mestečku Gibsonton, kde sa snažia odhaliť podivného vraha bývalých cirkusových umelcov.
ulder a Scullyová sa stávajú spolu s posádkou lode „Argent“ obeťami tajomnej sily, ktorá spôsobuje rýchle starnutie na palube amerického torpédoborca v Nórskom mori. Mulder v jednom z dialógov tvrdí, že sa stali obeťami posunu v čase na základe Filadelfského experimentu: "Na tom začali vojaci
Mulder a Scullyová vyšetrujú únosy zvierat zo zoologickej záhrady vo Fairfielde /Idaho/ na mieste známom výskytom UFO. Vzťah únosov zvierat a fenoménu UFO bol podrobnejšie dokumentovaný aj v literatúre faktu a niekoľkých filmových dokumentoch – spomeňme aspoň snímok Lindy Moulton Howeovej „Príšerná žatva“,