Mulder a Scullyová sa zúčastnia útoku komanda FBI na sídlo sekty „Chrám siedmych hviezd“ v Tennessee, vedenej charizmatickým Vernonom Ephesanom. Pri výsluchu sa Mulder zbližuje s dvadsaťpäťročnou Melissou Reedlovou, ktorá nie je pacientom trpiacim na rozštiepenie osobnosti, ale ženou,
Prelúdiom k ďalšiemu dobrodružstvu Muldera a Scullyovej sa stáva desivý nález depigmentovaného tela Afroameričana Owena Sandersa na toalete lietadla letiaceho na linke z Burkina Faso do Philadelphie. Podľa prvotného predpokladu išlo o už štvrtú obeť neznámej epidémie a preto sa prípadu ujímajú agenti FBI.
Mulder a Scullyová odchádzajú do pennsylvánskeho mestečka Home, aby poskytli pomoc šerifovi Taylorovi, ktorý si nevie poradiť s hrôzostrašným nálezom mŕtveho novorodenca. Pri svojom pátraní narazia na spustnutú farmu obývanú desivou rodinou, ktorej znetvorení členovia predstavujú výnimočnú z
Mulder a Scullyová odchádzajú do oblasti severného Michiganu, aby objasnili únos mladej ženy Mary Lefantovej, krátko potom ako jej priateľa zavraždili v aute bodnou ranou cez ušný otvor. Keď sa Mary opäť objaví, obaja agenti s prekvapením zistia, že na jej mozgu vykonal niekto transorbitálnu lobotómiu
Prvá časť štvrtej série Aktov X nadväzuje svojím príbehom na konečný diel predošlého cyklu – „Talitha cumi“. Mulder v nej pomáha tajomnému liečiteľovi Jeremiášovi Smithovi na úteku pred vrahom ozbrojeným mimozemskou dýkou. Na oplátku ho Smith zavedie na farmu stojacu blízko hraníc na kanadskom území,
Mulder a Scullyová sa stretávajú s liečiteľom Jeremiášom Smithom, ktorý – ako sa neskôr ukáže – je zapletený do sprisahania o osud našej planéty. Ako sa zdá, mimozemšťania sú tu v skrytej forme prítomní už dnes a všetko nasvedčuje tomu, že invázia z vesmíru čoskoro nastane.
Mulder a Scullyová odhaľujú sériu podivných úmrtí, ku ktorým dôjde v jednom z marylandských mestečiek. Keď Scullyová upadne do stavu paranoidnej psychózy, dôjde jej partner k záveru, že s myslením miestnym obyvateľov niekto manipuloval prostredníctvom zvláštneho televízneho signálu.
Mulder a Scullyová vyšetrujú podivný prípad svojho priameho nadriadeného – asistenta riaditeľa FBI Waltera Skinnera, ktorý sa počas svojej manželskej krízy stáva podozrivým z vraždy atraktívnej ženy s ktorou sa zoznámil v jednom z washingtonských hotelových barov.
Agentka Scullyová poskytne interwiev spisovateľovi Josému Chungovi, ktorý píše knihu o únose dvoch teenegerov – Harolda Lamba a Chrissy Giorgiovej na palubu UFO. Stopa, po ktorej sa agenti pustia v Klass County, vedie vyšetrovanie k rozmanitým záverom.